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《本草纲目》在万历时共刻过五次,石渠阁本(又称梅墅烟梦阁本)的刊刻时间仅次于金陵本(列入联合国世界记忆遗产名录)和江西本,据调查现存仅有六部,其传本数量只比金陵本多一点,《中国古籍善本书目》未著录。刘江山先生认为,石渠阁本是据江西本的后期印本翻刻的,所以存在诸多错讹。经核对,刘先生所据首都图书馆藏本虽然是已知六部中最好的一种,但仍是后印本。如刘文所称石渠阁本空缺字较多、整版补刻等情况,绝大多数都是后印时因板片缺损造成的。《本草纲目》众刻本的附图均集中成册,只有石渠阁本的药图分别列在第八卷至五十一卷的每卷正文之前,篇页顺序为:分目、与条文相关的药图、正文。无疑,石渠阁本的这种安排是最为合理的,可惜,也许是因为此本在明代就未能得到广泛传播的缘故,它的“创新”没有被后来任何的版本所继承。
武林钱衙本是《本草纲目》诸本中最为重要的版本之一,起着承前启后的作用。它经过比较仔细的校勘,改正了不少原本的错误。清顺治年间的《吴氏重刻本草纲目》,用钱衙本原版重印,但经过吴毓昌认真校勘,又剜改了约二百处错误,是清代中前期各种《本草纲目》的祖本。以刻工质量而言,武林钱衙本也要优于此前的诸本。此本有药图三卷,其第一图金石部“金水”图上刻有“武林陆喆写”字样,第二图“金山”图上,有“武林项南洲刊”字样,可知此本药图为陆喆绘,项南洲所刻。项南洲是明末江南著名刻工,浙派版画的代表性人物,极受版画收藏家郑振铎等人的推崇。项氏所刻版画多为小说、戏曲的插图,篇幅都有限,《本草纲目》应该是项氏所刻书中版画数量最为庞大的一种,具有非常重要的学术、艺术与研究价值。
由此可知,底本未必是善善之本。